انطلاقاً من الرؤية الإستراتيجية للوزارة لتطوير البنى التحتية الأساسية والمتكاملة على مستوى عالمي لدعم صناعة النقل البحري بالمملكة، تسعى شئون الموانئ والملاحة البحرية بوزارة المواصلات والاتصالات على تطوير وتنمية المنشآت المينائية والمرافق التابعة لها لكي يتم تقديم الخدمات بها طبقا للمقاييس والمعايير الدولية. كما تقوم شئون الموانئ والملاحة البحرية بالإشراف على العمليات البحرية في موانئ المملكة عن طريق تقديم المساندة والدعم اللازمين إلى مشغّلي الموانئ العامة والخاصة بالإضافة إلى ضمان جاهزية الوسائل المساعدة والمعدات الملاحية اللازمة من أجل سلامة الملاحة في الطرق الملاحية المؤدية إلى موانئ المملكة.

شئون الموانئ: هي اللتى تقوم بالإشراف على عمليات الموانئ والأرصفة البحرية الخاصة ومراقبة أدائها، بالإضافة إلى إصدار التراخيص التجارية اللازمة لمقدمى خدمات الموانئ والخدمات البحرية، وكذلك الإشراف على الأنشطة التجارية في موانئ المملكة، بما في ذلك التنسيق مع جميع الجهات المعنية. كما تقوم هذه الادارة بوضع السياسات واعتماد المعايير الدولية للموانئ طبقاً للوائح الدولية. الإدارات التي تندرج تحت شؤون الموانئ:
- إدارة عمليات الموانئ والخدمات الفنية
- إدارة الشئون التجارية والمناطق اللوجستية وتطوير الموانئ
- إدارة الأمن والسلامة

شئون الملاحة البحرية: تشرف هذه الادارة على مراقبة العمليات البحرية بالمياه الإقليمية لضمان سلامة حركة السفن – كما تقوم هذه الادارة بتسجيل السفن التي تحمل علم مملكة البحرين وإصدار الشهادات المتعلقة بذلك- بالاضفة إلى اعتماد وتطبيق المعايير الدولية وضمان وممارساتها وفقاً للتشريعات المحلية والأنظمة المعمول بها دولياً والمنبثقة من المنظمة البحرية الدولية (IMO). ادارة المناطق اللوجستية: تقوم هذه الإدارة بالأشراف على منطقة البحرين اللوجستية ومراقبة عملياتها والعمل على تطويرها، علاوة على استقطاب الشركات المحلية والدولية. الإدارات التي تندرج تحت شئون الملاحة البحرية:
- إدارة تسجيل السفن واشئون لبحارة
- إدارة السلامة وحماية البيئة البحرية